(一)办公室。 负责机关文电、会务、机要、档案、保密等工作。协助院领导处理检察政务，组织协调重要工作部署、重大决策的贯彻实施。起草审核相关文件文稿，处理检察信息。负责人大代表、政协委员等联络工作。负责新闻宣传工作。负责财务管理、国有资产管理、综合事务保障等工作。

(二)第一检察部。负责由铁路运输检察院办理的刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督、羁押必要性审查及对相关案件补充侦查。负责开展未成年人司法保护和预防未成年人犯罪等工作。办理铁路运输检察院管辖的刑事申诉案件。

(三)第二检察部。负责对看守所、社区矫正机构等执法活动的监督，对刑事判决、裁定执行、强制医疗执行、羁押和办案期限的监督。办理罪犯又犯罪案件。负责由铁路运输检察院办理的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，以及按照刑事诉讼法规定需要由铁路运输检察院直接受理的其他重大犯罪案件的侦查。负责受理向铁路运输检察院的控告申诉。承办铁路运输检察院管辖的国家赔偿案件和国家司法救助案件。

(四)第三检察部。负责办理向铁路运输检察院申请监督的民事案件的审查、提请抗诉或发出再审检察建议；承办对铁路运输法院民事诉讼活动的法律监督，对审判监督程序以外的其他民事审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议，对民事执行活动实行法律监督。开展民事支持起诉工作。办理铁路运输检察院管辖的民事申诉案件。

(五)第四检察部。负责办理向铁路运输检察院申请监督的行政案件的审查、提请抗诉或发出再审检察建议；承办对铁路运输法院行政诉讼活动的法律监督，对审判监督程序以外的其他行政审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议，对行政执行活动实行法律监督。办理铁路运输检察院管辖的行政申诉案件。

(六)第五检察部。负责由铁路运输检察院办理的民事公益诉讼案件、行政公益诉讼案件。负责对铁路运输法院开庭审理的公益诉讼案件，派员出席法庭，依照有关规定提出检察建议。办理铁路运输检察院管辖的公益诉讼申诉案件。

(七)第六检察部。 负责数字检察、检察技术、信息网络安全等工作。调查研究与检察工作有关的法律、法规、政策的执行情况，提出意见和建议。组织开展检察理论研究工作。负责司法体制改革综合协调相关工作。承担铁路运输检察院检察委员会日常工作。负责案件的受理流转、办案流程监控、涉案财物监管、法律文书监管、案件信息公开。统一组织办案质量评查、业务考评和业务统计分析研判。组织开展人民监督员等相关工作。